U to su vrijeme rodilje i babinjače često umirale od babinje groznice. Ponekad se to događalo i u 30 % slučajeva što je za današnje prilike nezamislivo i nedopustivo. Bilo je to vrijeme kada liječnici uopće nisu vjerovali da postoje virusi i bakterije, odbacivali su mogućnost da nešto ,,nevidljivo” može izazvati bolest, a bakteriologija je bila u samom začetku. Pasteur i Koch tek su počeli upotrebljavati neke postupke, poput bojenja i uzgajanja bakterija u laboratorijskom radu. Radili su na utvrđivanju etiologije mnogih zaraznih bolesti i opisali ulogu bakterija kao uzročnika i prijenosnika bolesti ili patogena.

Semmelweis je primijetio da se u drugoj bolnici u Beču puno manje umire pa se zapitao u čemu je razlika. Ispitavši situaciju uvidio je da u drugoj bolnici porode obavljaju babice, dok su u njihovoj to radili liječnici i studenti koji su u susjednoj prostoriji proučavali i secirali preminule rodilje, a nakon čega očito nisu prali
ruke. Proučavajući porođaje, primijetio je kako se smrtnost majki smanjuje za nevjerojatnih 90 %, ukoliko bi liječnici napravili jednu jednostavnu stvar prije obavljanja poroda. Ta stvar bila je pranje ruku. Na temelju tih spoznaja, na svojem je odjelu uveo obvezno pranje ruku klornim vapnom, što je rezultiralo time da je na njegovom odjelu smrtnost pala na 1,27 %, a u ožujku i kolovozu 1848. godine više nije bilo smrtnih slučajeva. Mlađi kolege su to prepoznali, ali njegov nadređeni nije.

Kako su reagirali uvaženi bečki liječnici kada im je neki tamo sumnjivi Mađar rekao da im babinjače umiru kao muhe jer imaju prljave ruke? Negiranjem. Semmelweis se trudio uvjeriti druge liječnike da moraju prati ruke. Oni su ga ismijali jer se njegova tvrdnja nije činila znanstveno opravdanom. Naime, liječnici su mislili da su im ruke čiste budući da su oni gospoda. Kao drugo, on je bio Mađar. Osim toga, te revolucionarne 1848. godine našao se na krivoj strani. Izgleda da je također imao i nekih psihičkih problema i ovisnosti. Nije pomagalo što je slao ljutita pisma širom Europe. Općenito, išao je protiv opće prihvaćenog mišljenja onog vremena. Odbili su dosta ponižavajuće njegov zahtjev za višim radnim mjestom, pa se on vratio u Budimpeštu, gdje je kasnije uspješno suzbio epidemiju babinje groznice uvođenjem obveznog pranja ruku klornim vapnom.

U Beču je smrtnost i dalje bila visokih 10-15 %. Semmelweis je u međuvremenu pisao i djela o prevenciji babinje groznice, držao predavanja, napravio i dao tiskati mnoge studije koje dokazuju njegove tvrdnje, ali ipak mu nisu vjerovali. Trebalo je desetak godina da se širom Europe uvede pranje ruku klornim vapnom.